Das Nationalmuseum für Archäologie besitzt sehr umfangreiche Sammlungen und wurde von José Leite de Vasconcelos als ein “Museum des Portugiesen” verstanden, das “Materialien zu vereinen sucht, die zur vollkommenen Kenntnis des menschlichen Lebens beitragen... alles, was für unser Volk typisch ist”.

Im Laufe seiner Geschichte ist ein ansehnlicher und auf recht verschiedene Nuklei verteilter Bestand zusammengekommen, ergänzt durch beachtliche ausländische, archäologische und ethnographische «komparative Sammlungen», besonders die des Alten Ägyptens und des portugiesischen Könighauses, sowie verschiedene Vermächtnisse und Schenkungen.

Hauptanteil seines Bestandes sind jedoch sehr umfangreichen Sammlungen portugiesischer Funde aus der vor- und frühgeschichtlichen, romanischen, arabischen und mittelalterlichen Epoche.