Il Museo Nazionale di Archeologia racchiude collezioni molto vaste ed è stato concepito da José Leite de Vasconcelos, come un “Museo dell'Uomo Portoghese” che “...cerca di riunire elementi materiali che contribuiscano alla conoscenza totale della vita dell'uomo... tutto ciò che caratterizzi il nostro popolo”.

Il museo ha accumulato nel tempo un notevole patrimonio, suddiviso in nuclei molto diversi ai quali si aggiungono le importanti «collezioni di comparazione» straniere, archeologiche ed etnografiche, in cui assumono la massima rilevanza quelle dell'Antico Egitto, della Casa Reale portoghese e di molteplici lasciti e donazioni.

La parte principale del suo patrimonio è, tuttavia, costituita da vastissime collezioni di archeologia portoghese dei periodi preistorico, protostorico, romano, arabo e medievale.